BigData Analytics with Nextflow & nf-core

Abstract

Die Standardisierung, Portabilität und Reproduzierbarkeit von Analysemethoden ist nach wie vor ein bekanntes Problem in der angewandten Informatik und hierbei insbesondere in den Lebenswissenschaften. Analysetools sind oftmals auf spezifische Infrastruktur zugeschnitten und können nur schlecht von dieser getrennt angewandt werden. Mittels Nextflow, einer domänenspezifischen Sprache auf Groovy-Basis und nf-core, einem Framework für die Anwendung von Erfahrungen aus der Entwicklung vieler stabiler Analysepipelines, versuchen wir diese Probleme konkret zu addressieren. Hierbei werden Containertechnologien, Cloud Ressourcen und eine Community aus Entwicklern rund um den Globus eingebunden um eine möglichst flexible Entwicklung dieser Plattformen zu erreichen. Im Talk werden die einzelnen Aspekte beleuchtet und detailliert beschrieben, so dass Zuhörer auch selbst in die Entwicklung solcher Analysepipelines einsteigen können.

Date
2019-07-06 11:00
Event
Invited Talk at TUEBIX Tübingen
Location
Sand 14, 72076 Tübingen, Germany
Avatar
Dr. rer. nat Alexander Peltzer
Coordinator R&D Data Science

My research centers around the development of sustainable, easy-to-use workflows for the processing of large-scale (bio-) logical data.